所得稅制優化方案（亦稱「全民稅改方案」）對營利事業相關的課稅規定有些調整，主要以下幾項：

1. 廢除兩稅合一部分設算扣抵制度。
2. 營所稅稅率調高。
3. 未分配盈餘加徵營所稅率調降（10%→5%）。
4. 獨資合夥組織所得免徵營所稅，直接歸課出資人綜所稅。

廢除兩稅合一部分設算扣抵制度

稅改方案中，營利事業最有感的莫過於「廢除兩稅合一部分設算扣抵制度」。107年1月1日起，不用再設置股東可扣抵稅額帳戶（ICA帳戶）、計算稅額扣抵比率等，簡化了分配盈餘與申報營所稅時的程序。而其餘3項新規定會在接下來的內容逐一說明細節。

營所稅稅率調高

財政部認為原營所稅之稅率17%相較於鄰近國家尚屬偏低，而且為了縮小營所稅與綜所稅的稅率差距，減少公司藉保留盈餘為高所得股東規避稅負誘因，自107年度起，營所稅稅率由17%調高為20%。

但為了減輕對低獲利企業（全年課稅所得額50萬以下）的影響，設計了稅率逐年調高的機制，說明如下表：

	107年度 （108年5月申報）	108年度 （109年5月申報）	109年度起
課稅所得額＞50萬（註）	20%
課稅所得額≦50萬（註）	18%	19%	20%

註：營利事業全年課稅所得額在12萬元以下仍免徵營所稅。另外，應納稅額仍舊不得超過營利事業課稅所得額超過12萬元部分之半數。

再以A公司來舉例說明，其107年度與108年度之課稅所得額以及適用的稅率如下表：

	107年度	108年度
課稅所得額	60萬元	30萬元
適用稅率	20%	19%

未分配盈餘加徵營所稅率調降為5%

為了適度減輕企業保留盈餘以累積自有資金的稅負，自107年度起營利事業未分配盈餘加徵營所稅率由10%調降為5%。

值得注意的是，新規定適用於「107年度起之未分配盈餘」。採用曆年制的公司於108年5月所辦理的是106年度未分配盈餘申報，仍舊適用10%稅率。在107年度以後產生盈餘，並且未在次年度分配的部分才適用5%稅率，最快會在109年5月辦理107年度未分配盈餘申報時開始適用。

	適用稅率
申報106年度未分配盈餘（108年5月辦理）	10%
申報107年度未分配盈餘起	5%

獨資合夥組織所得免徵營所稅，直接歸課出資人綜所稅

自107年度起，獨資合夥組織所得免徵營所稅，直接歸課出資人綜所稅。但必須強調，新制對屬於「小規模營利事業（註1）」之獨資合夥組織並無影響，僅改變了「非屬小規模營利事業」之獨資合夥組織的課稅方式，在修法前後之差異整理如下表：

	舊制	新制
適用年度	104年度到106年度	107年度起
營所稅階段	1. 計算出應納之結算稅額，於辦理申報前自行繳納。 2. 獨資合夥組織之應納結算稅額：全年應納稅額之半數－尚未抵繳之扣繳稅額。	依所得稅法規定（註2）辦理結算申報，但無須計算及繳納其應納之結算稅額。
綜所稅階段	1. 按2.方式計算出所得額，依所得稅法規定列為獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依法課徵綜所稅。 2. 所得額：營利事業所得額－全年應納稅額之半數。	以核定之營利事業所得額計算獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，再依法課徵綜所稅。

註1：小規模營業人係指屬於規模狹小，平均每月銷售額未達新臺幣20萬元而按查定課徵營業稅之獨資、合夥組織。
註2：所得稅法第71條第1項。

若屬於小規模營利事業者之課稅規定並未改變，依舊無須辦理結算申報，而由稽徵機關核定其營利事業所得額，直接併入獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，依法課徵綜所稅。

總結而言，「廢除兩稅合一部分設算扣抵制度」、「調高營所稅稅率」與「獨資合夥組織課稅新規定」都將於108年5月申報107年度所得稅時適用相關規定，僅有「未分配盈餘稅率調整」會於109年5月申報時才開始適用，宜多加留意。

圖片來源：401(K) 2012