由於一代健保並未將經常性薪資以外的所得納入保費費基，二代健保實施後，一般民眾（保險對象）及雇主（投保單位）除了負擔原有的保費外，在符合特定條件時，一般民眾或雇主須另計收補充保費。簡言之：
二代健保保費 = 一般保費 + 補充保費
自2016年1月1日起，二代健保保費計費公式有四項重大的改變：
1. 一般保費費率調降
由4.91%調降為4.69%
2. 補充保費費率調降
由2%調降為1.91%
3. 投保單位平均眷口數調降
公民營事業機構的健保投保單位負擔所屬員工眷屬的健保費人數（即平均眷口數）由原來的0.62人調降為0.61人
4. 補充保費門檻調高
執行業務收入、利息所得、租金收入、股利所得等4項補充保險費的扣繳門檻由5千元至2萬元
| 扣繳項目 | 原扣繳門檻 | 2016/1/1起 扣繳門檻 |
| 獎金 | 全年累計超過當月投保金額4倍 | 不變 |
| 兼職薪資所得 | 單次給付達基本工資 | 不變 |
| 執行業務收入 | 單次給付達5,000元 | 單次給付達2萬元 |
| 利息所得 | 單次給付達5,000元 | 單次給付達2萬元 |
| 租金收入 | 單次給付達5,000元 | 單次給付達2萬元 |
| 股利所得 | 1) 雇主(負責人)或自營業主身分投保者：單次給付股利總 額扣減年度任雇主期間之投保金額總額後達5,000元。 2) 非以雇主或自營業主身分投保者：單次給付達5,000元。 |
1) 雇主(負責人)或自營業主身分投保者：單次給付股利總 額扣減年度任雇主期間之投保金額總額後達2萬元。 2) 非以雇主或自營業主身分投保者：單次給付達2萬元。 |
根據行政院的推估，被保險人每人每月一般保險費平均減少26元、補充保險費減少23元，另雇主負擔保險費全年減少約73億元。
但值得注意的是，2016年費率調降後，2019年將達到費率調漲標準，一般保險費費率需驟然調升至5.71%、補充保險費費率調升至2.33%，推估被保險人每人每月一般保險費平均增加117元、補充保險費增加109元，雇主負擔保險費全年增加高達334億元。
因此，若政府無法建立一套穩健可長久經營的保費計算機制，未來幾年保費調降對一般民眾或企業主來說也只是短多長空。
法源依據：
- 衛部保字第1041260973號
- 衛部保字第1041260847號
- 健保財字第1040031785號
圖片出處：GotCredit